Le cryptomeria est un genre de conifères à feuilles persistantes caractérisé par un tronc unique et droit ou, plus rarement, par des grappes clonales formées lorsque les branches inférieures s'enracinent et se développent en troncs subsidiaires. L'écorce est fibreuse et se détache en bandes verticales. Les feuilles sont densément enroulées autour des rameaux, en forme de griffe ou d'écaille chez les arbres matures et plus longues chez les jeunes arbres, recouvrant complètement les pousses. Elles ont une section transversale en forme de losange avec une extrémité douce et incurvée.

Le bois de Cryptomeria est léger, tendre, fragile et légèrement parfumé, mais modérément résistant à la pourriture. Il présente des cernes de croissance nets, ne possède pas de véritables canaux résinifères et contient des cellules résinifères dispersées. L'anatomie des feuilles comprend des stomates enfoncés en larges bandes, une seule nervure centrale, un tissu de transfusion et un petit canal résinifère, avec des couches palissadiques et mésophylliennes spongieuses bien développées.

Le genre est monotypique, composé uniquement de Cryptomeria japonica, originaire d'Asie orientale. Il est largement cultivé au Japon et ailleurs comme arbre ornemental. Il existe de nombreux cultivars, sélectionnés pour leur port nain, la couleur de leur feuillage et leurs formes de croissance inhabituelles ; le cultivar 'Elegans', au feuillage juvénile, est particulièrement populaire en dehors du Japon.

Sur le plan taxonomique, Cryptomeria occupe une position évolutive importante au sein des Cupressaceae. Anciennement classé dans la famille des Taxodiaceae, il est désormais regroupé avec Glyptostrobus et Taxodium dans la tribu des Taxodieae. La structure de ses cônes de graines présente des caractéristiques qui rappellent les anciennes « conifères de transition » et confirme ses liens étroits avec plusieurs lignées de conifères vivantes et éteintes. Malgré ces traits archaïques, Cryptomeria a une trace fossile relativement limitée, qui ne remonte pas avant le début du Tertiaire et se limite principalement au Japon.